全球领先的基因合成公司都会定期对客户的DNA序列进行筛选，以识别用于合成有害病毒、细菌、毒素和其他潜在威胁的订单。这种生物安全筛查必须依赖一个完备的潜在危险基因序列数据库。早些时候，加拿大阿尔伯塔大学的研究人员通过邮件订购DNA片段，成功构建了马痘病毒（一种已灭绝的天花病毒），证明了该安全筛查系统的潜在脆弱性。马痘病毒并没有出现在潜在危险病毒清单上，研究本身（开发一种新型疫苗)也完全符合政府和大学的规定。然而，这项研究还是引发了一场热议，生物安全和生物防御领域的许多专家公开质疑，现在的筛查工具是否已经完善，是否真的能够阻止潜在的合成生物武器所带来的威胁。

2018年6月，总部位于波士顿的银杏生物（Gingko Bioworks）公司宣布获得价值高达6400万美元的合同，为新兴的合成生物学行业开发一系列生物安全产品，其中包括为基因合成公司改进用于筛选订单的算法，开发用于识别DNA样本是否进行了设计的深度学习模型。

该公司计划利用过去10年开发的用于识别有益DNA序列的算法，调整模型，用于预测DNA片段是否构成威胁。这些算法已经创造出了新的香味和能够产生肥料的微生物。在美国情报高级研究计划局（Intelligence Advanced Research Projects Agency）的支持下，该公司利用这些工具，在有潜在威胁的DNA序列被运送之前对其进行标记，并且能够辨别一种新的病原体是自然进化的还是由人工设计的。银杏生物拥有世界上最大的工程DNA序列数据库，通过对这些数据的深度学习，识别被忽视的包含在这些设计中的工程特征。

银杏还获得了国防部的资金，用于开发能够感知和解除化学或生物威胁的酶。如果研究项目取得成功，公司将继续推进这些产品和软件工具的商业化。